O Departamento de Clínica Médica foi fundado em 1965 quando a 1ª turma de Medicina chegou ao 3º ano de Graduação.
Como resultado do histórico que liga o Departamento de Clínica Médica às próprias origens da Faculdade de Ciências Médicas e, em decorrência dos avanços obtidos no decorrer das mais de quatro décadas de existência, o Departamento de Clínica Médica atua hoje (2024) como o maior departamento da FCM.
O Programa de Pós-Graduação em Clínica Médica foi aprovado em 1991 pela Comissão de Pós-Graduação da Unicamp pelo Parecer 63/1991, 18/09/1991 e passou a atuar em 1992.