En el abarrotado Teatro Municipal de Campinas, 50 jóvenes, en su mayoría provenientes de ciudades del interior del estado de São Paulo, asistieron a la primera conferencia de la Facultad de Medicina de Campinas. La conferencia inaugural, impartida por el rector de la Universidad de São Paulo (USP), Antônio Barros de Ulhôa Cintra, tuvo lugar en Campinas el 20 de mayo de 1963. La Facultad de Medicina fue la unidad pionera de la Unicamp y precedió a la fundación de la universidad por tres años.
En 1965, bajo el firme liderazgo de Zeferino Vaz, comenzó a perfilarse la Universidad de Campinas. En 1969, un decreto estatal cambió el nombre de la Facultad de Medicina de Campinas a Facultad de Ciencias Médicas (FCM). Lo mismo ocurrió con la Universidad de Campinas, que se convirtió en la Universidad Estatal de Campinas (Unicamp) el 30 de julio de ese mismo año.
El 20 de mayo de 2013, la FCM cumplió 50 años. Su Jubileo de Oro se celebró con una gala y una extensa programación cultural, deportiva y científica. El hito fue el lanzamiento del libro "La realidad superó el sueño” que cuenta esta historia de éxito construida por el trabajo de profesores, funcionarios, médicos residentes, estudiantes y ciudadanos de Campinas.
En dos ocasiones, en 2010 y 2012, la escuela fue invitada a nominar candidatos al Premio Nobel de Medicina. De sus filas académicas surgieron candidatos para puestos de salud pública municipales, estatales y federales.